生信(关于书信的一些)
1.关于书信的一些基础知识
书信写作格式 书信历史悠久，其格式也几经变化。
今天，按通行的习惯，书信格式主要包括五个部分：称呼、正文、结尾、署名和日期。 1.称呼 也称“起首语”，是对收信人的称呼。
称呼要在信纸第一行顶格写起，后加“：”，冒号后不再写字。称呼和署名要对应，明确自己和收信人的关系。
（具体可参见第四编《应酬称谓》）称呼可用姓名、称谓，还可加修饰语或直接用修饰语作称呼。这里简要说明几条细则： （1）给长辈的信。
若是近亲，就只写称谓，不写名字，如“爸”、“妈”、“哥”、“嫂”等；亲戚关系的，就写关系的称谓，如“姨妈”、“姑妈”等。对非近亲的长辈，可在称谓前加名或姓，如“赵阿姨”、“黄叔叔”等。
（2）给平辈的信。夫妻或恋爱关系，可直接用对方名字，爱称加修饰语或直接用修饰语，如“丽”、“敏华”、“亲爱的”等；同学、同乡、同事、朋友的信，可直接用名字、昵称或加上“同学”、“同志”，如“瑞生”、“老纪”、“小邹”、“三毛”等。
（3）给晚辈的信。一般直接写名字，如“乐毅”、“君平”、“阿明”等；也可在名字后加上辈分称谓，如“李花侄女”等；亦可直接用称谓作称呼，如“孙女”、“儿子”等。
（4）给师长的信，通常只写其性或其名，再加“老师”二字，如“段老师”、“周师傅”、“宏海老师”等。对于十分熟悉的师长，也可单称“老师”、“师傅”。
假如连名带姓，在信首直称“孙松平老师”、“王达夫师傅”，就显得不大自然且欠恭敬。对于学有专长、德高望重的师长，往往在姓后加一“老”字，以示尊重，如“戴老”、“周老”，亦可在姓名后加“先生”二字。
为郑重起见，也有以职务相称的，如“董教授”、“陈大夫”、“佟工程师”等。 （5）给一个单位或几个人的信，又不指定姓名的，可写“同志们”、“诸位先生”、“XX等同志”等。
给机关团体的信，可直接写机关团体名称。如“XX委员会”、“XX公司”。
致机关团体领导人的信，可直接用姓名，加上“同志”、“先生”或职务作称呼，亦可直接在机关团体称呼之后加上“领导同志”、“负责同志”、“总经理”、“厂长”等。 如果信是同时写给两个人的，两个称呼应上下并排在一起，也可一前一后，尊长者在前。
上述五种场合，有时还可按特殊对象，视情况加上“尊敬的”、“敬爱的”、“亲爱的”等形容词，以表示敬重或亲密之情。当然，这要用得适宜，如对好友称“尊敬的”，反而显得见外，对无特殊关系的年轻女性贸然称呼“亲爱的”，那就有失检点了。
2.正文 正文通常以问候语开头。问候是一种文明礼貌行为，也是对收信人的一种礼节，体现写信人对收信人的关心。
问候语最常见的是“您好！”“近好！”依时令节气不同，也常有所变化，如“新年好！”“春节愉快！”问候语写在称呼下一行，前面空两格，常自成一段。 问候语之后，常有几句启始语。
如“久未见面，别来无恙。”“近来一切可好？”“久未通信，甚念！”之类。
问候语要注意简洁、得体。 接下来便是正文的主要部分——主体文，即写信人要说的话。
它可以是禀启、复答、劝谕、抒怀、辞谢、致贺、请托、慰唁，也可以是叙情说理、辩驳论证等。这一部分，动笔之前，就应该成竹在胸，明白写信的主旨，做到有条有理、层次分明。
若是信中同时要谈几件事，更要注意主次分明，有头有尾，详略得当，最好是一件事一段落，不要混为一谈。 3.结尾 正文写完后，都要写上表示敬意、祝愿或勉励的话，作为书信的结尾。
习惯上，它被称做祝颂语或致敬语，这是对收信人的一种礼貌。祝愿的话可因人、因具体情况选用适当的词，不要乱用。
（可参见下节《常用书信用语》的“祝颂语”。） 结尾的习惯写法有两种： （1）在正文写完之后，紧接着写“此致”，转一行顶格或空两格写“敬礼”。
（2）不写“此致”，只是另起一行空两格写“敬礼”、“安好”、“健康”、“平安”等词，一定要另起一行空两格，不得尾缀在正文之后。也可以在正文结尾下另起一行写“祝你”、“敬祝”，再空两格写上“安好”、“健康”等。
4.署名和日期 在书信最后一行，署上写信人的姓名。署名应写在正文结尾后的右方空半行的地方。
如果是写给的亲属、朋友，可加上自己的称呼，如儿、弟、兄、侄等，后边写名字，不必写姓。如果是写给组织的信，一定要把姓与名全部写上。
而在署名之后，有时还视情加上“恭呈”、“谨上”等，以示尊敬。上述自称，都要和信首的称谓相互吻合。
日期一项，用以注明写完信的时间，写在署名之后或下边。有时写信人还加上自己的所在的地点，尤其是在旅途中写的信，更应如此。
2.生物信息学一些基本的常用软件有哪些
必学：1、计算机基础（linux+perl+R 或者 python+matlab）
2、生信基础知识（测序+数据库+数据格式）
3、生信研究领域（全基因组，全转录组，全外显子组，捕获目标区域测序）
4、生信应用领域（肿瘤筛查，产前诊断，流行病学，个性化医疗）
分而治之：
一、计算机基础，需要看三本书，一步步的学会学通，不需要刻意去找哪个书，一般linux是鸟哥私房菜，perl是小骆驼咯，R是R in action，但是看一本书只能入门，真正想成为菜鸟，必须每个要看五本书以上！我云盘里面有这基本上的高清打印版，大家可以去淘宝打印一下才几十块钱还包邮，对书比较讲究的也可以买正版，也不过是一百多块钱而已！
二、生信基础知识，测序方面，在百度文库找十几篇一代二代三代测序仪资料仔细研读，然后去优酷下载各大主流测序仪的动画讲解，再看看陈巍学基因的讲解；数据库先看看三大主流数据库——NCBI,ENSEMBL,UCSC，还有一些也可以了解一些（uniprot,IMGT,KEGG,OMIN,TIGR,GO）同样也是百度文库自己搜索资料，但是这次需要自己去官网一个个页面点击看，一个个翻译成中文理解吃透；数据格式讲起了就多了，这个主要是在项目流程中慢慢学，或者你有机会去上课，不然你看来也是立马忘记的，主要有sam,vcf,fasta,fastq,bed,gtf,gff,genbank,ensembl,psl等等
三、生信研究领域，各个领域主要是软件繁多，合起来常用的估计有上百个软件了，一般只有从业五六年以上的人才有可能把它们全部用过一遍，而且这也完全需要项目来训练，而不能仅仅是看看软件手册，但是研究领域最重要的是背后的原理，需要看各大牛的综述。
a） 生信基础软件（blast++套件，fastqc,flash,blast,solexaQA,NGS-QC-toolkit,SRA-toolkit,fastx-toolkit）
b) snp-calling相关软件（bwa,bowtie,samtools,GATK,VarScan.jar,annovar）
c） 基因组相关软件（velvet,SOAPdenovo2,repeatmasker,repeatscount,piler,orthMCL,inparanoid,clustw,muscle,MAFFT,quickparanoid,blast2go,RAxML,phyML）
d） 转录组相关软件（trinity,tophat,cufflinks,RseQC,RNAseq,GOseq,MISO,RSEM,khmer,screed,trimmomatic,transDecoder,vast-tools,picard-tools,htseq,cuffdiff,edgeR,DEseq,funnet,davidgo,wego,kobas,KEGG,Amigo,go）
3.关于书信的一些基础知识
书信写作格式
书信历史悠久，其格式也几经变化。今天，按通行的习惯，书信格式主要包括五个部分：称呼、正文、结尾、署名和日期。
1.称呼
也称“起首语”，是对收信人的称呼。称呼要在信纸第一行顶格写起，后加“：”，冒号后不再写字。称呼和署名要对应，明确自己和收信人的关系。（具体可参见第四编《应酬称谓》）称呼可用姓名、称谓，还可加修饰语或直接用修饰语作称呼。这里简要说明几条细则：
(1)给长辈的信。若是近亲，就只写称谓，不写名字，如“爸”、“妈”、“哥”、“嫂”等；亲戚关系的，就写关系的称谓，如“姨妈”、“姑妈”等。对非近亲的长辈，可在称谓前加名或姓，如“赵阿姨”、“黄叔叔”等。
(2)给平辈的信。夫妻或恋爱关系，可直接用对方名字，爱称加修饰语或直接用修饰语，如“丽”、“敏华”、“亲爱的”等；同学、同乡、同事、朋友的信，可直接用名字、昵称或加上“同学”、“同志”，如“瑞生”、“老纪”、“小邹”、“三毛”等。
(3)给晚辈的信。一般直接写名字，如“乐毅”、“君平”、“阿明”等；也可在名字后加上辈分称谓，如“李花侄女”等；亦可直接用称谓作称呼，如“孙女”、“儿子”等。
(4)给师长的信，通常只写其性或其名，再加“老师”二字，如“段老师”、“周师傅”、“宏海老师”等。对于十分熟悉的师长，也可单称“老师”、“师傅”。假如连名带姓，在信首直称“孙松平老师”、“王达夫师傅”，就显得不大自然且欠恭敬。对于学有专长、德高望重的师长，往往在姓后加一“老”字，以示尊重，如“戴老”、“周老”，亦可在姓名后加“先生”二字。为郑重起见，也有以职务相称的，如“董教授”、“陈大夫”、“佟工程师”等。
(5)给一个单位或几个人的信，又不指定姓名的，可写“同志们”、“诸位先生”、“XX等同志”等。给机关团体的信，可直接写机关团体名称。如“XX委员会”、“XX公司”。致机关团体领导人的信，可直接用姓名，加上“同志”、“先生”或职务作称呼，亦可直接在机关团体称呼之后加上“领导同志”、“负责同志”、“总经理”、“厂长”等。
如果信是同时写给两个人的，两个称呼应上下并排在一起，也可一前一后，尊长者在前。
上述五种场合，有时还可按特殊对象，视情况加上“尊敬的”、“敬爱的”、“亲爱的”等形容词，以表示敬重或亲密之情。当然，这要用得适宜，如对好友称“尊敬的”，反而显得见外，对无特殊关系的年轻女性贸然称呼“亲爱的”，那就有失检点了。
2.正文
正文通常以问候语开头。问候是一种文明礼貌行为，也是对收信人的一种礼节，体现写信人对收信人的关心。问候语最常见的是“您好！”“近好！”依时令节气不同，也常有所变化，如“新年好！”“春节愉快！”问候语写在称呼下一行，前面空两格，常自成一段。
问候语之后，常有几句启始语。如“久未见面，别来无恙。”“近来一切可好？”“久未通信，甚念！”之类。问候语要注意简洁、得体。
接下来便是正文的主要部分——主体文，即写信人要说的话。它可以是禀启、复答、劝谕、抒怀、辞谢、致贺、请托、慰唁，也可以是叙情说理、辩驳论证等。这一部分，动笔之前，就应该成竹在胸，明白写信的主旨，做到有条有理、层次分明。若是信中同时要谈几件事，更要注意主次分明，有头有尾，详略得当，最好是一件事一段落，不要混为一谈。
3.结尾
正文写完后，都要写上表示敬意、祝愿或勉励的话，作为书信的结尾。习惯上，它被称做祝颂语或致敬语，这是对收信人的一种礼貌。祝愿的话可因人、因具体情况选用适当的词，不要乱用。（可参见下节《常用书信用语》的“祝颂语”。）
结尾的习惯写法有两种：
(1)在正文写完之后，紧接着写“此致”，转一行顶格或空两格写“敬礼”。
(2)不写“此致”，只是另起一行空两格写“敬礼”、“安好”、“健康”、“平安”等词，一定要另起一行空两格，不得尾缀在正文之后。也可以在正文结尾下另起一行写“祝你”、“敬祝”，再空两格写上“安好”、“健康”等。
4.署名和日期
在书信最后一行，署上写信人的姓名。署名应写在正文结尾后的右方空半行的地方。如果是写给的亲属、朋友，可加上自己的称呼，如儿、弟、兄、侄等，后边写名字，不必写姓。如果是写给组织的信，一定要把姓与名全部写上。而在署名之后，有时还视情加上“恭呈”、“谨上”等，以示尊敬。上述自称，都要和信首的称谓相互吻合。
日期一项，用以注明写完信的时间，写在署名之后或下边。有时写信人还加上自己的所在的地点，尤其是在旅途中写的信，更应如此。
4.如何自学生物信息学
先说一下自己吧，我硕士读的是细胞生物学，今年4月开始在boss要求下自学perl，打听了下，这本书不错，就买来开始看，等5月份去北京参加公司的培训班时，读了一遍，看了一部分。培训回来，我们的项目就开始做了，9月拿到所有原始数据和分析结果。然后，我对照着公司的分析报告，试着自己走一边分析流程，中间遇到问题，自己解决不了的，就发邮件求助。有几点需要注意：
1. 我能理解你想早些玩儿数据的愿望，但是在这之前，最好要有一个outline.需要知道数据从哪儿来的，怎么产生的？其实就是测序仪的工作原理。然后是数据质量检验，为什么需要数据过滤？接着是reads拼接和组装。总之，要对整个流程有一个认识，而后在学习的过程中，再不断回头对比这个流程，这样才不会有迷失的感觉。[这本书]（BioInformatics for High Throughput Sequencing）推荐看一下。
2. 有了基础知识的铺垫，就可以尝试着自己做些练习了，paper上面都会给出他们的数据、原码地址，可以找来自己试试，先看看自己能不能做出一样的效果。当然，这时要是你手里正好有项目，那就更好了。
3. 学生物信息，paper肯定是要跟踪的。这两个网站可以经常看一下：
[homologous](Homologus - Frontier in Bioinformatics) 覆盖生物信息有趣的论文， 算法，以及生物科学问题。这个网站还汇集了很多生物信息领域科学家的博客。再如BGI的主程罗瑞邦， SAMtools、BWA的作者Heng Li都有在这里出现。
[rna-seq Blog](RNA-Seq Blog) 推荐新的论文、工作、培训课程、大型会议等。
如果你是生物背景的，那么计算机方面的知识需要补一下：
- 需要能在linux环境下舒服的工作。比如从源码编译安装软件、PATH配置，再比如舒服地使用google找到问题的答案 ：-）
- 学会使用python/perl。比如有的时候运行一个软件老是报错，可能就是因为在一个包含几十万行的文本文件里，有随机的那么几千行的末个位置，多一个冒号，[就像这里]（using HTSeq | popucui）， 这时候你知道需要怎么做了？
- 学会R。要从一大堆基因里面找出表达水平变化的基因来，需要统计分析和显著检验；而要把我们的数据更直观地展示出来，最好的方式就是图形了吧。这两个需要，R都能满足。当然matlab也是可以的，区别在于R是开源工具。
- 具备了上述技能，那么常用的软件就能用起来了。随着学习的深入，可能你的问题别人也没遇到过，这时候就需要自己动手，要么修改现成的工具，要么自己做一个出来。这时候，除了python/perl，或许还可以学学C/C++/java，或许需要研究下比如BWT、De Bruijn Graph背后的原理。
5.生物学背景自学生物信息学,想做这方面的研究,从哪里
是问从哪里开始吗？我本科生物，研究生期间生物信息。基础自学。导师生信背景，有计算机学位。
首先一定要确定你真的喜欢计算机吗？天天写代码，跑程序，这样的日子感觉坐不住的话还是算了，更别提前期学习真的是写代码>回车>error>debug>回车>error>debug。。这样的循环往复。（不过error遇得多了当可以成功执行的时候成就感还是挺突破天际的。）
基础知识包括linux基本操作，python或perl随便一门编程语言，R语言常用，要学。熟悉各大生物数据库（主要查询和下载数据），熟悉生信常用到的格式，常用软件的使用。
还有一些约定俗成的规则你学习的时候会感受到，比如软件的使用，你不可能保证把所有的软件学一遍，总会遇到新的需要尝试。一般下载软件编译之后先-h(help)或是找文件夹中的readme文件，就大概知道怎么做了。包括linux的命令，不可能全部了解，需要用的时候help一下，有什么参数是你需要的立刻就知道。个人认为主要学的就是一个套路，有了这些套路就可以以不变应万变。
1. linux
基础操作要熟悉，安装软件，基本文件操作，如果出现error要能解决。推荐《鸟哥的Linux私房菜》。
2. python or perl
编程语言主要是用来批处理各种文本和写算法（如果需要的话）。和linux一样，属于基础中的基础，相当于语言对于人类活动的作用。这个要求会一个就好，常用的就是python或perl，选一个感兴趣的学。
3. R语言
R语言算是统计工具，虽然也是一门语言，但和python,perl的区别是当遇到需要做统计的时候，写R会简单很多，而且R的作图功能强大，非常常用。
4. 数据库，例如ucsc,tcga这些。没什么说的。
5. 了解生信常用到的文本格式。比如fasta,vcf,maf等。其实都是文本，只是需要知道每种文本中的信息都是什么。
Above all，实践是学习最快的途径。用的多了就熟练了。
差不多就这些。最后说一些注意。如果研究生期间也想往生信方向转，选导师一定要选择有计算机背景的，这样才好指导你。
6.Re：佛教起信的基础是什么
佛教起信的思想基础是什麽？
佛教起信的基础是信念和智慧。龙树菩萨在《致国王书》中说：“入道之法简言之，就是信念和智慧，有信能使归向法，有智能够见真理，二者之中智为主，先决条件是信念。"这里说得很清楚，有信念能够归向佛法，有智慧才能够明见真理。这“信"字有三重含义：一是真心喜爱，二是坚信不疑，三是坚定追求。即对所信对象产生兴趣，真心喜爱，并坚信所产生的作用，进而执著追求。这必须首先要有正确的认识，因此说“智为主"。农树还在这本书中指出：“以贪心归趋，嗔恨心归趋，恐惧心归趋，无明心归趋都是不合正法的归趋。正信归趋是建立在正确认识基础上的符合理性的信归。"这是佛教不同於迷信的根本标志。
佛教涉及的知识范围和宇宙万物存在量相等，故称佛为“正等觉"、“遍知者"。但作为起信皈依的思想基础，必须认识宇宙万物无常和生命轮回之苦的本质。“无常"是指“诸法无常"，即万事万物瞬息万变、兴衰不定、即生即灭的运动变化规律。有情生命的可悲之处就是生死轮回之苦和生命短暂无常之苦。
由於这种人生短暂，生命脆弱，祸福不定，兴衰相伴的无常原因，人世苦苦追求的一切荣华富贵，都变得毫无意义。认识到这种情况的具有理智的人，为了摆脱这种危机四伏的人生困境，必然会寻找出路，当认识到佛法对世界万物和人生的认识及其解决办法的合理性和无比优越性时，就会自然地皈信佛教。因此说：“起信的根本是智慧，动力是信念。"</TD></TR>
7.生物信息学需要的数学知识
这个引自我另一个问题的回答计算机方面--------------首先要编程。
（基础）然后数据结构很重要。还有就是算法（算法分析和设计）数学方面--------微积分（基础）数值方法（基础）线代（基础，简单且重要）离散数学（尤其是图论，数论和逻辑不重要）概率和统计（马尔科夫过程和贝叶斯等等尤其重要）。
信息论（只要个基本。香农熵啥的在生物信息学经常出现）博弈论有兴趣也可以学下（非必要）。
常微分和偏微分（当且仅当你搞系统生物（systems biology）时需要）然后复变，分析，拓扑啥的是最没用的。
