这种目录树是用什么软件写出来的

思维导图类软件都可以，不想下软件的话，也可以直接用 百度脑图 类在线应用直接画

产品经理最需要的原型工具是 Axure 吗

需要的，除此之外，做产品需要借助很多工具，推荐以下这些：
1.脑图工具：百度脑图
2.文档共享：蓝湖
3.项目管理：jira
都怎么学呢？可以在网上找每个工具的教程，一边看一边练习。

请教 mindManager 输出 透明PNG

MindManager不支持输出透明百PNG，可以支持输出自定义分辨率的图片。
目前支持透明PNG的软件不多，可以试下思维导图创始人托尼伯赞团队自己开发的度思维导图软件，目前支持。
其它的一些类似xmind、mindmapper，包括百度脑图也都是不支持。